Извините, что так задержался, я кушал
В IDE Arduino есть более вменяемый способ вытаскивать файл прошивки, он же кекс. Сохраняете свой проект в папочку, компилируете, а затем делаете в менюхах Скетч-Экспорт бинарного файла. В итоге в Вашей папочке с проектом появляется заветный кекс, который уже можно вливать куда попало и чем попало. Даже два файла прошивки там будет - с бутлоадером и без оного, выбирайте, который большке Вам понравится.
Компилировать перед экспортом нужно обязательно, иначе эта странная IDE на такой развод не купится.